La nascita e il consolidamento della Riforma in Valchiavenna fu senz’altro favorito come negli altri territori soggetti alle Tre Leghe, dalla decisione della Dieta di Ilanz del 1526 che permetteva ad ogni cittadino grigione di essere cattolico romano oppure evangelico riformato, ed estendeva ai territori soggetti questa possibilità.

Dai territori di lingua italiana allora giunsero a poco a poco molti fuggiaschi per motivi religiosi, persone di solito di buona cultura e formazione, che avevano aderito alle idee riformate, prima a seguito della predicazione di Martin Lutero, poi di quella che giungeva dalla Riforma svizzera.

Inoltre a Chiavenna, al contrario che nel resto dei territori italiani, la Riforma divenne anche un fenomeno sociale, arrivando i riformati a costituire un terzo degli abitanti della cittadina. E questo non solo per l’arrivo di profughi per motivi religiosi, ma anche per l’adesione alla confessione evangelica di parecchie famiglie locali, fra cui i Pestalozzi, i Follizzari, gli Stoppa… oltre che i Salis che erano grigioni, ma avevano una loro presenza stabile in città.

Il fondatore della comunità fu Francesco Negri, mentre il primo pastore fu Agostino Mainardo dal 1539 fino al 1563. Il principale luogo di riunione, oltre una cappella del palazzo Salis era S. Pietro, di cui oggi è visibile ancora il campanile. Come ancora sono visibili scritte e tracce su palazzi chiavennaschi appartenuti ad evangelici, fra cui un affresco in via Dolzino che celebra l’editto di Nantes promulgato in Francia da Enrico IV per tutelare gli ugonotti, raffigurato in Chiavenna come esempio di convivenza fra cattolici ed evangelici. 

Il pastore Mainardo si trovò ad affrontare parecchi problemi con quei profughi italiani che nella ventata di libertà dottrinale portata dalla Riforma, predicavano posizioni eterodosse, e dunque né cattoliche né evangeliche. Egli faticò a contenere le dispute cosicché con il successore, Girolamo Zanchi, si arrivò ad una scissione che portò sofferenza nella vita comunitaria. La situazione migliorò poi con l’arrivo di Scipione Lentulo. Tutti i nomi citati sono di grande rilievo nel panorama dell’evangelismo italiano, come anche da ricordare l’appartenenza alla comunità riformata dell’umanista Ludovico Castelvetro.

Non solo Chiavenna però ebbe chiese riformate, in Valchiavenna si formarono altre comunità: a Piuro, che terminò la sua esistenza sotto la rovinosa frana del 1618, a Villa di Chiavenna, Prata, Mese.

La Valchiavenna infine fu risparmiata dal Massacro di Valtellina del 1620 per la differente convivenza di cattolici ed evangelici, cosicché una parte della popolazione rimase evangelica anche dopo il Capitolato di Milano del 1639, che vietava in tutti i territori soggetti il culto riformato. Per questo a Castasegna, appena dopo il confine fu costruita una chiesa più grande per permettere di frequentare il culto evangelico anche ai riformati che salivano dalla Valchiavenna, che a poco a poco si trasferiranno nei territori ora svizzeri.